Voor de uitvoering van Mentaal Vitaal is het Trimbos-instituut projectleider. De afspraken tussen het Trimbos-instituut en de mede-uitvoerders van de projecten worden vastgelegd in samenwerkingsovereenkomsten.
Mede-uitvoerders zijn onder andere GGZ-instellingen, universiteiten en eerstelijns professionals.
Voor de duur van Mentaal Vitaal wordt een internationale adviescommissie ingesteld.